名偵探柯南：純黑的惡夢

在某個漆黑的夜晚，國家公安委員會警察廳內部遭到某個間諜入侵，間諜企圖竊取英國的MI6、加拿大的CSIS、德國的BND與美國的CIA甚至FBI以及日本公安警察的機密資料，在千鈞一髮之際被降谷零率領的一眾公安警察發現，間諜只好搶車逃走，在高速公路上與降谷展開競速追逐。在險些波及其他車輛而釀成重大事故的瞬間，間諜的車被FBI的赤井秀一持來福槍開槍擊中並從公路上墜落。

隔天，柯南等人到改建後盛況空前的東都水族館遊覽觀賞世界第一個二輪式巨大摩天輪，此時柯南一行人發現一位外貌端莊、孤身一人的受傷女性，又看出她左右瞳孔顏色相異，也就是俗稱的雙色瞳（odd-eyes）。但是，這名女性正處於喪失記憶狀態，忘了自己的名字，所攜帶的行動電話也壞了。柯南在旁的少年偵探團與這位女子約定幫助她找回記憶，然後就一起行動。因為眼睛的特徵是一致的，灰原擔心這名女子真實身份就是黑暗組織的第2號人物—蘭姆。另一方面，正當柯南尋找接近宿敵黑暗組織的機會，這名女子在看到摩天輪的燈光時突然間恢復記憶，痛苦地喃喃自語說：「NOC有基爾、波本、司陶特、阿夸維特、雷司令……」果然她的真實身份是黑暗組織的成員之一！而她被送入警察醫院後，FBI和公安推測時機已成熟便悄悄展開了行動。此時苦艾酒一直在暗中監視安室透，在那之後她拿出裝有消音器的手槍要脅他，並對著衣服上的微型通信器說：「我正有此意做好準備，琴酒」。

柯南與FBI和公安並未察覺到，同時間在德國、加拿大以及英國，黑衣組織所製造的間諜暗殺案接連發生！目標的共同點是誰？組織的目的是什麼？不久琴酒就將魔爪伸向日本，這場暗殺不過才剛剛開始。根據FBI赤井秀一與警方調查連續暗殺得知，日本警察某份資料被竊取之事得到證實，被竊取的資料就是間諜的名單「NOC List」（非官方臥底名單）。

如果資料落入黑衣組織手中，那麼世界的情報機關會被組織給摧毀，更糟的是潛入組織的公安安室透與CIA水無怜奈也將陷入危險中。在柯南和赤井立即追查的同時，琴酒將水無和安室拘禁並要處決兩人，此時苦艾酒的手機響了。那位下達指示的究竟是誰？知道暗殺間諜事件是黑衣組織所作的，柯南決定要與FBI聯手阻止黑衣組織，究竟他們是否能成功阻止黑衣組織的暗殺行動，還有水無和安室的命運即將如何呢？